وسیله تنفس آبشش است. هر آبشش به دو بخش تقسیم می‌شود به هر یک از بخشها ، همی‌برانش و به هر آبشش هولوبرانش گفته می‌شود. ماهیان غضروفی از 5 تا 7 جفت آبشش دارند. یک جفت سوراخ را که در تنفس نقش ندارد و در قسمت قدامی چشم اسپیراکل است نیز ضمیمه دستگاه گوارش است. در برخی کوسه ماهیان بخش کوچک از آبشش به نام شبه آبشش درون اسپیراکل قرار می‌گیرد.

تولید مثل ماهیان غضروفی

اکثر گونه‌های ماهیان غضروفی زنده‌زا هستند اما برخی از کوسه ماهیان و سپر ماهیان تخم گذار هستند گونه‌های زنده‌زا بزرگتر بوده و در آبهای عمیق زیست می‌کنند. باله شکمی نرها دارای اندامی به نام کلاسپر است که به هنگام جفتگیری به اندرون کلوآک ماهی ماده و از آنجا به درون اویداکت رانده می‌شود.

ماهیان استخوانی

این بزرگترین رده مهره‌داران دارای دو زیر رده است. در ماهیهای باله گوشتی اولیه باله‌های سینه‌ای و شکمی محتوی استخوانهای درونی هستند که شباهت زیادی به استخوانهای اندامهای حرکتی مهره‌داران خاکزی دارند. همچنین کیسه‌های هوایی حلقی به جای شش عمل می‌کنند. امروزه فقط 4 گروه از این ماهیها باقی مانده است که عبارتند از سلاکانتها و سه گروه از ریه‌دارها. در عوض در زیر رده باله شعاعیها ، باله‌های زوجی را اشعه سوزن مانند نگهداری می‌کنند و کیسه هوایی نیز معمولا به مثانه شنا مبدل شده است.

قسمتهای مختلف ماهیان استخوانی

باله دمی: باله دمی ماهیان را عمدتا به دو گروه اصلی هتروسرکال و هوموسرکال تقسیم می‌کنند. نقش باله‌های فرد و زوج در ماهیان تشخیص وضعیت و موقعیت ماهی درون آب است.
پولکها: پولکهای متنوعی در ماهیان وجود دارد. پولک گانوئیدی که حاوی گانوئین است در ماهیان خاویاری دیده می‌شود. پولک مدور در اغلب ماهیهای استخوانی مانند کپور و ماهی سفید یافت می‌شود. پولک شانه‌ای در اغلب سوف ماهیان دیده می‌شود. پولکهای مدور یا شانه‌ای ممکن است در برخی ماهیها باهم دیده شود. هر دو نوع پولک جز پولکهای درخشان است و منشا پولک پوست ماهی است.
خط جانبی: به صورت خطی واضح و مشخص در بسیاری از ماهیان دیده می‌شود خط مستقیم یا منحنی. در بعضی این خط تمام طول بدن را نمی‌پوشاند چه ماهیانی که دارای خط جانبی مشخص و چه نامشخص ، خط جانبی دارای سلولهای حسی به نام نوروماست است. که این سلولها در تشخیص وضعیت و سنجش تلاطم و حکت ماهی کمک می‌کند.
گوش ماهیان: در ماهیان فقط گوش داخلی وجود دارد. از ویژگیهای گوش ماهیان وجود سنگریزه‌هایی به تعداد 3 تا 4 عدد است که اتولیت نامیده می‌شود. به این سنگریزه‌ها ، سنگریزه شنوایی هم می‌گویند که در سیستماتیک و تعیین سن ماهیان اهمیت دارند و سلولهای حسی گوش داخلی که در شنوایی و تعادل نقش دارند ماکولا نام دارند. در ماهیانی که قدرت شنوایی خوبی دارند ارتباطی بین گوش داخلی و کیسه هوایی ایجاد شده است.

ساختمان چشم ماهیان استخوانی

صلبیه با چند صفحه غضروفی یا استخوانی سفت و سخت می‌شود.
قرنیه مسطح
سلولهای مخروطی که در تشخیص رنگ بکار می‌رود.
ماهیچه مسئول حرکت دادن عدسی
مشیمیه (تغذیه کننده چشم)
در ماهیانی که در اعماق زیاد زیست می‌کنند عدسی بسیار بزرگ و شبکیه کوچک است و شکل عدسی کروی است.

کیسه شنا

کیسه شنا یا کیسه هوایی فقط در ماهیان استخوانی وجود دارد. به آن کیسه گازدار هم می‌گویند. در قسمت فوقانی حفره بدن بالاتر از مرکز توده ماهی قرار می‌گیرد و به ماهی این امکان را می‌دهد که بدون صرف انرژی وضعیت و موقعیت طبیعی خود را درون آب حفظ کند. یکی از ماهیان (یک نوع گربه ماهی) به طریق جالبی توانسته است نداشتن کیسه شنا را جبران کرده و موقعیت خود را درون آب حفظ کند و انرژی کمی بکار گیرد.

ماهیان هوازی

ماهیان بسیاری وجود دارند که از هوا تنفس می‌کنند این ماهیان حدود 23 جنس از ماهیان استخوانی را دربرمی‌گیرند و دارای آبششهایی هستند که سطح کوچک و محدودی دارند. این ماهیان به جز ماهیان دودمی هستند. بسیاری از ماهیان که ساکن آبهای راکد هستند در هوای گرم و زمانی که اکسیژن محلول در آب کاهش می‌یابد به سطح آمده و هوا را می‌بلعند. پس هوا بوسیله حلق که عمل پمپاژ را انجام می‌دهد از طریق کانال هوایی به کیسه هوایی تغییر شکل یافته انتقال می‌یابد. در ماهیان هوازی که دوره‌های خشکسالی را معمولا درون گودالهایی می‌گذرانند تنفس هوازی وجود دارد اما به هر حال جهت دفع گاز کربنیک به آبشش وابسته‌اند.

تولید مثل ماهیان

اکثر آنها دارای دو جنس نر و ماده هستند. برخی خود باور و برخی هرمافرودیت هستند.
برخی ماهیان لقاح داخلی دارند که تعدادشان محدود است.
جفتگیری یا پیدا کردن جفت از طریق مختلف مانند تغییرات رنگ بدن ، تولید صدا و تولید مواد محرک فرمون.
پس از رها شدن تخمها ، تخمها یا شناورند یا به درون آب فرو می‌روند.
ماهی زنده‌زا مانند گاپی (Gupy) حدود 50 عدد نوزاد تولید می‌کند.
رها سازی تخمک از تخمدان یا از طریق پاره شدن دیواره و رها شدن تخمک درون شکم مانند قزل آلا و یا تخمک از مجرای تخمک‌بر به بیرون رانده می‌شود.
برخی از ماهیان درون دهان و یا بعضی درون روده و یا درون کیسه‌های شکمی تکوین تخم را انجام می‌دهند